ownCloudでログインの際に「ログインに時間がかかりすぎました。もう一度やり直してください。」のエラーメッセージが出てログインができなくなっていました。
また、Webからはログインできませんが、WebDAVではログインできファイル操作も可能でした。
/var/lib/php/ 以下のパーミッションを確認すると以下のようになっていました。
drwxrwx--- 2 root apache 6 8月 20 08:10 opcache
drwxr-xr-x 2 root root 110 8月 20 08:10 peclxml
drwxrwx--- 2 root apache 331776 8月 20 08:10 session
drwxrwx--- 2 root apache 6 8月 20 08:10 wsdlcacheグループがapacheになっています。これでは nginx のプロセスが書き込みできないです。
/var/lib/php/session の中は少々前まで nginx のユーザーでセッションファイルが作成されていました。
アップデートのタイミングで、グループが apache に変わった可能性があります。
apache になっているグループを nginx に変更して、正常にログインできるようになりました。
以下の記事を参考にさせていただきました。